La manera de tomar las decisiones es de forma asamblearia. La red se divide en pequeñas redes locales según la ubicación geográfica. Así, se encuentran la red del Baztan, Tierra Estella, etc. En estas redes locales, se realizan asambleas según las necesidades y la actividad de cada zona. Aparte, a lo largo del año, se hacen 4 encuentros o asambleas en los cuales nos juntamos todas las redes locales por diferentes motivos expuestos a continuación:
- Último fin de semana de enero: Reunión de intercambio y reparto de semillas.
- Alrededor del 17 de abril: Coincidiendo con el día de la lucha campesina. Actividad de divulgación, reivindicativa etc.
- Sin fecha concreta (La fecha a propuesta del personal de la red): Taller de formación anual.
- Segundo fin de semana de noviembre: Valoración de las especies reproducidas cada un@ en su huerta y entrega de las fichas de seguimiento.
El acta de cada uno de los encuentros, se manda por correo electrónico a redsemillasnafarroa@googlegroups.com, de aquí todos los componentes de la red la pueden ver. El lugar donde se llevan a cabo es variado y puede ser tanto en Pamplona (Lorenea, Subeltz, etc.), como en las casas, pueblos o terrenos de los componentes de la red. Después de cada asamblea o encuentro se hace una comida autogestionada por el grupo.